美国国防部前雇员声称存在一个秘密政府项目，该项目已调查并隐瞒了外星智慧的证据长达80多年。
故事发生在2047年的巴黎，人类已经将生活的重心从现实世界转移到了虚拟网络中，那些过于沉溺于网络而抛弃了现实生活的人们被称为“连接人”，这些人早已经丧失了人类的外形。纳什（麦克·道帕德 Mike Dopud 饰）是游走在虚拟和现实之间的“混种”，他的女友海伦娜（奥黛丽·贾科米尼 Audrey Giacomini 饰）在一场事故中丧生，而直觉告诉纳什，那场事故并没有表面看起来的那么简单。
主人公许诺常常会遇到一些莫名其妙的事，有些似乎是他经历过的，有些却像幻觉。而每一次频临死亡时，他又总能听到有人在他耳边重复同样一串数字……说话的人到底是谁？这串数字又是什么？解开了数字之谜，他是否能找到命运真正的归宿？
2009年，当麻纱绫（户田惠梨香 饰）和濑文焚流（加濑亮 饰）相识的前一年。在美国FBI学成归来的当麻被分在警视厅公安部公安第五课未详事件特别对策系，接受组长野野村光太郎的直接领导。此前不久，某大型石油企业高管接连被人杀害，死者的心脏无一例外都留下被人用手捏过的痕迹。显而易见，这一系列事件和所谓的SPEC持有者有着极为密切的联系。与此同时，石油企业高管Diablo（大杉涟 饰）高薪聘请神秘SPEC持有者一十一（神木隆之介 饰），企图阻挡神秘的SPEC杀手。一十一，这个日后与当麻和濑文有着不解渊源的难缠敌手将当麻视作杀害父母的爆弹女，之后更斩杀了当麻在美国结识的好友Nancy。 SPEC宏大篇章自此拉开序幕，决定世界命运的重大事件也进入了倒计时…
