银河共和国的克隆军队与分裂联盟的机器人军队交战正炙，尤达大师派极地学徒亚苏卡•谭诺作为阿纳金的学徒加入克里斯多菲斯星战斗。杜库伯爵设计绑架了塔图因星贾霸的幼子，绝地长老院为了获得银河星系外围的通路权，战斗结束后派阿纳金，亚苏卡和机器人R2带领克隆军队前去拯救人质，而欧比-旺•肯诺比则去塔图因星贾霸处商讨联盟事宜。阿纳金一行在泰斯星一处寺院遭遇分裂联盟的机器人军队及西斯武士阿萨基•文翠斯，尽管救回贾霸幼子，却没料到更大的阴谋正等待着他们。
当一项大胆的任务将一支深海潜艇队带入海底一个神秘的开口时，他们发现了一个失落的水下世界，并唤醒了那里的远古超自然生物种族。
与冥王哈迪斯惨烈战斗终于结束，世界再次回到光明之中。但对于圣斗士来说，却伤亡何其惨重。黄金圣斗士全部阵亡，星矢虽然在最后的决战中侥幸逃生，却落得五感尽失，形同废人。然而，这来之不易的和平却无法持续太久，在经历了撒加叛乱、海神波塞冬、冥王哈迪斯等危机之后，另一支邪恶之手也向人类世界伸来。这便是太阳神阿波罗——女神雅典娜的哥哥。他此番带领神斗士前来，企图将人类消灭。对于雅典娜及其麾下的圣斗士来说，这是前所未有的大危机……
疯狂的天才蒂姆·特拉弗斯试图通过杀死过去的自己来解决时间旅行者悖论。这样做会毁灭宇宙吗？在此过程中，他将面对犯罪集团、阴谋论者，以及与精神不稳定的黛莉拉的约会。
2010年，小学教员市川新市（哀川翔 饰）变身斑马人，打败了前来入侵的外星人，成为全人类的偶像。但在此之后，市川却神秘消失，行踪不明。转眼15年过去，日本发生巨大的改变。正邪颠倒，罪恶横行。东京更名斑马城，每天都有5分钟被称为“斑马时间”。是时，全副武装的斑马警察倾巢出动，对仍滞留街上的市民展开毫不留情的大屠杀。邪恶的相原公藏（ガダルカナル·タカ 饰）和她的女儿斑马皇后（仲里依紗 饰）统治着这里，在其强大的暴力阴影下，从者众而逆者寡。
20世纪70年代，外星人派遣一位女性机器人外交官来到地球执行和平使命。她误入了饱受战火蹂躏的巴勒斯坦，而不是麻省理工学院，并在那里结识了一位友善的英国记者。他们展开了一系列富有洞察力的对话。
尽管全球通力协作，地球还是不可避免地要与太阳相撞了，英国记者报道这个即将到来的灾难。
